Es una Unidad Ejecutora de Doble Dependencia (UEDD) fruto de una alianza estratégica entre el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) y el Centro de Estudios Históricos “Prof. Carlos S. A. Segreti” (CEH). La creación del IEH fue aprobada por el Directorio del CONICET en virtud de su Resolución Nº 0825/17 (de fecha 27 de abril de 2017) y la Unidad Ejecutora fue puesta en marcha formalmente en febrero de 2018 con el nombramiento de su primer director.