La fundación fue llevada adelante por un conjunto de docentes e investigadores que fueron la base de la institución. Según el acta de constitución los miembros fundadores fueron el Prof. Carlos S. A. Segreti junto a Jorge Mario Grossi, Lic. Félix Elvio Converso, Lic. Norma Dolores Riquelme de Lobos, Lic. Héctor Ramón Lobos, Lic. María Cristina Vera de Flachs, Lic. Ana Inés Ferreyra, Lic. Elsa Ester Pavón, Lic. Beatriz Inés Moreyra, Lic. Irma Julia Sironi de Freytes, Lic. María Inés Rodríguez, Lic. Marcela Beatriz González de Martínez, Lic. Graciela Giordano de Rocca, Lic. Nora Barrionuevo y Lic. María Arminda Córdoba. El impulso y cohesión logrados por este primer grupo  que se reunía periódicamente en torno a la figura convocante del Prof. Carlos S. A. Segreti -junto a otros miembros que se sumaron después- fueron los que permitieron afianzar la institución en sus primeros años.

El CEH posee personería jurídica desde 1979 (Nº 062-A-1979). En 1999 en homenaje a quien fuera su fundador y por iniciativa de los socios, el CEH pasa a llamarse: Centro de Estudios Históricos "Prof. Carlos S. A. Segreti”.

Desde fines del año 2006, el CEH "Prof. Carlos S. A. Segreti" se convierte en Unidad Asociada de CONICET (Resolución N° 2557) y en abril de 2017, a partir de una alianza estratégica con el CONICET conforma e integra el Instituto de Estudios Históricos (IEH) - Unidad Ejecutora de Doble Dependencia (Resolución Nº 0825/17).

La masa crítica de investigadores aumentó conforme a los años, al igual que los campos de interés que han ido ampliándose para incorporar profesionales provenientes de la arqueología americana, la etnohistoria, la historia europea antigua y medieval y los estudios sobre cultura escrita y archivología.

Desde sus comienzos el Centro propende a la difusión de los resultados de investigación a través de la gestión editorial -que ha generado libros, publicaciones periódicas y series documentales-, de la organización de  cursos de posgrado, jornadas, congresos y workshops, así como también, el establecimiento de relaciones de intercambio académico con entidades y personas dedicadas a la disciplina.

En la actualidad cuenta con numerosos proyectos de investigación colectivos e individuales, que cuentan con apoyo financiero del CONICET, el Ministerio de Ciencia y Tecnología de la Nación y de la provincia de Córdoba.

Los miembros de la institución participan, además, asesorando a otras instituciones de la comunidad (museos y archivos) así como también realizando estudios de impacto arqueológico en las áreas urbanas y rurales de la provincia de Córdoba. Desde el Centro se propende a la formación de recursos humanos en cada una de las áreas donde los estudiantes en etapa de formación pueden iniciar sus primeros pasos en la investigación o encarar estudios de postgrado.
En una palabra, el CEH "Prof. Carlos S. A. Segreti" durante más de cuarenta años de existencia ha contribuido decididamente a la formación en la investigación y para la investigación histórica, convirtiéndose éstos en los rasgos decisivos que permiten definir una auténtica identidad institucional.